De Panta Rhei werkt volgens het leerstofjaarklassensysteem. Een manier van onderwijsorganisatie waarbij de leerlingen samen met hun leerkracht(en) een groep vormen en daarin de leerstof van het betreffende leerjaar krijgen aangeboden. Alle groepen in de school hebben een bij de school en de Waterwijk passende naam gekregen:

Groep 1-2A IJsberen: Nathalie (Ma, Di, Vr) en Margriet (Wo, Do)

Groep 1-2B Zeepaardjes: Mellany (Ma t/m Vr)

Groep 1-2C Dolfijnen: Astrid (Ma t/m Vr)

Groep 3 Orka’s: Rosa (Ma, Di, Vr) Tessa (Wo, Do, Vr)

Groep 4 Pinguïns: Jacquline (Ma Di) Ilse (Wo, Do, Vr)

Groep 5 Zeehonden: Nicolette (Ma, Di, Wo) Carlien (Do, Vr)

Groep 6 Walvissen: Maureen (Ma, Di, Vr) Jacquline (Wo, Do)

Groep 7 Zeesterren: Inge (Ma, Di, Wo, Vr) Yasemin (Do)

Groep 8 Tijgerhaaien: Wendy (Ma t/m Vr)